国家大剧院的归属问题与前文所说的性质问题密切相关，又远比性质问题复杂，且一直充满争议。至今很多人不解，各种说法也满天飞。有说是文化部没钱不想要，有说是中央为甩包袱交给了北京市，还有说是北京市仗财大气粗硬要的。不少说者都信誓旦旦。
事实究竟如何？
改革开放之后至1998年之前，国家大剧院的筹建工作一直由文化部负责。1998年1月，中央正式决定建设国家大剧院，由北京市牵头负责，中央各有关部门（包括文化部）参加。建设投资由中央财政专项安排，配套资金由北京市安排。但建成后的归属却未明确。中央领导同志曾试探性地问过北京市和文化部的意见，北京市的态度是“只求所在，不求所有，全力为中央搞好服务”，文化部的态度是“服从中央决定，如果中央把大剧院交给文化部，文化部绝不推辞”。
国家大剧院第一次明确归属是在1998年下半年办理企业法人登记注册过程中，中央领导同志同意大剧院主管部门为国务院。但还留了个尾巴，就是建成后的归属再议（详见拙文《大剧院究竟是企业还是事业》）。
当时的第一要务是高质量建成大剧院，所以大家对大剧院的归属并未纠结。而且，我们还都想当然地认为大剧院将来就是归属文化部。时任大剧院建设领导小组组长的北京市委主要领导同志曾多次对时任大剧院建设领导小组成员的文化部主要领导同志半开玩笑半认真地说，你才是真正的业主，我们都是为你打工的。文化部党组也多次研究过大剧院建成后的管理问题，包括内定了院长人选。北京市委主要领导同志提出，大剧院归文化部管，但大剧院党委应实行属地管理，并拟定了书记人选。双方彼此都通了气。
一切都正常进行着。等到2003年3月政府换届后，事情起了一些变化。是年6月，国务院主管文化的领导同志视察大剧院建设工程，并要求业主委员会策划大剧院建成后的经营管理工作。随后，我们经充分研究，形成了一份《关于国家大剧院经营管理方案设想》。其中，关于大剧院隶属关系问题，《设想》提出，“可考虑将大剧院定为文化部领导下的副部级直属事业单位，由文化部归口管理。”
大剧院的归属问题真正引起社会广泛关注是在2004年。年初，一位文艺界元老在一些场合公开发声，主张大剧院应归属文化部，并且要刻不容缓。他说，既然大剧院冠以“国家”二字，就应体现国家水平，代表国家形象，归国家管。文化部是国家的最高文化主管部门，归属文化部顺理成章。身为全国政协常委的这位元老还联合几十名全国政协委员在3月份的全国政协会上提交了一份提案，要求确定文化部为大剧院主管部门。在提案上签名的有文化部多位老领导及不少著名艺术家，还有一些非文艺界的知名人士。由于此君身份特殊，他的表态如同在平静的湖水里抛下一颗石子，激起阵阵涟漪。
各路记者闻风而动，纷纷找我要求采访。隶属关系是非常敏感的问题，涉及到中央、文化部、北京市。我知道中央对此事的态度，也知道北京市和文化部的态度，但由于没有定论，所以不能轻易表态。我只能正面回应道，中央的态度是，目前还不到确定的时候；北京市的态度是，只求所在、不求所有、全力搞好服务；文化部的态度是，不争、不推、尽职尽责。而业主委员会的态度是，按中央文件规定，业主委员会负责大剧院的建设，建成后转为管理委员会。不管是现在还是将来，不管是归属文化部还是北京市，我们都会全力做好本职工作。“至于我个人的态度，无关紧要”，在记者的一再追问下，我说道，“文化部和北京市谁管大剧院都没问题。文化部有'先天’优势，北京市则有'地主’之利。更重要的是国内外艺术家和文艺院团是冲着国家大剧院来的，而不是冲着北京市或文化部来的。”
其实，对于大剧院隶属关系问题，最着急的当属业主委员会。因为随着竣工临近，有关今后经营管理的问题也日益凸显，例如，开办费由哪个渠道拨付，大剧院的经营管理体制如何确定，人员如何招聘和安排，开幕演出季的节目怎样筹备，等等。因此，业主委员会多次建议领导小组尽快确定大剧院的隶属关系，并为领导小组代拟了向国务院的请示。领导小组于3月中旬向国务院正式呈报了关于尽快确定大剧院隶属关系的请示。
与此同时，财政部也就大剧院隶属关系问题征求了中编办、国家发改委、文化部和北京市政府的意见。四家单位从不同角度分析后，均同意大剧院由文化部主管。随后，财政部向国务院报送了关于大剧院隶属关系问题的请示。
2004年12月初，根据国务院领导同志的指示精神，财政部、文化部经调研，向国务院报送了关于大剧院隶属关系等问题的请示。两部提出，大剧院由中央财政投资建设，代表我国最高舞台艺术水准。大剧院建设资金的来源决定了其资产应归中央政府所有；大剧院的定位要求其应由国家文化行政主管部门管理。……为保证大剧院实现其应有功能，应由文化部代表中央政府承担大剧院的管理职能。
在这份请示报送后不久，按国务院领导同志要求，国办召开了大剧院归属问题座谈会。文化部、国家发改委、建设部、北京市领导及财政部、中编办有关负责人参加会议。会议经讨论一致同意大剧院由文化部主管。财政部负责人还表示，以后给大剧院的年度财政补贴会充分保证。
但耐人寻味的是，这次的会议纪要报上去后却如泥牛入海。我当时就有一种预感，此事肯定有变。果不其然——
2005年10月中旬，国务院议定将大剧院交北京市管理，并要求北京市委、市政府尽快给国务院写一份关于北京市管理大剧院的报告，要说明理由和管理设想。
北京市委领导同志接报后让万嗣铨和我马上到他的办公室，把这事情的来龙去脉讲了一遍，并要求赶紧起草给国务院的报告，重点说北京市管理有什么优势，准备怎么管。此事来得突然，没有一点思想准备。我思考了一下说，这样写等于是北京市向中央要大剧院，这与北京市一贯的原则不符，而且这也不是北京市去要的，而是中央主动给的。所以应先说一下大剧院代表的是国家形象，体现的是国家水平，再接着说，国务院决定将大剧院交北京市管理，这体现了中央对北京市的信任和关怀，我们完全拥护并坚决执行，同时也深感责任重大。然后表态，我们有决心也有信心在党中央、国务院的领导下把大剧院管理、运营好，最后再列几条管理的意见措施，包括大剧院的性质、经营管理体制、财政补贴、开办费等。市委领导同志听后表示同意。
我很快代北京市委、市政府起草了《关于国家大剧院管理问题的报告》，经北京市委常委会专题会议讨论同意后，由北京市委、市政府向国务院报送了该报告。报告开宗明义指出，大剧院代表国家形象，体现国家水平。国务院决定将大剧院交北京市管理，体现了中央对北京市的信任和对首都文化建设的亲切关怀，我们完全拥护并坚决执行这个决定；同时也深感责任重大。我们有决心也有信心在党中央、国务院的领导下，在中央有关部门，特别是在财政部和文化部的的大力支持和帮助下，充分发挥大剧院的作用，充分展示大剧院的水平，让党中央、国务院满意，让首都人民和全国人民满意，让中国和世界的艺术工作者满意。
2006年9月，国务院办公厅印发《关于国家大剧院管理体制有关事项的通知》。通知指出，关于大剧院管理体制问题已经中央政治局常委会和国务院常务会议讨论同意。通知明确，国家大剧院的经营管理由北京市负责。
至此，大剧院的归属问题终于尘埃落定。
在2007年12月开幕演出以来的16个春秋里，国家大剧院在北京市委、市政府的直接领导下，大剧院领导班子团结带领大剧院全体员工，秉持“人民性、艺术性、国际性”的宗旨，锐意进取、开拓创新，早已成为我国名副其实的最高表演艺术中心和世界当之无愧的领袖级剧院。如今的国家大剧院，凭借着“六大平台”“一院三址”和世界剧院联盟的优势，正不断续写辉煌。